Sgt. Keroro, befehlshabender Offizier der Invasionstruppen vom Planeten Keron, hat ein Problem. Nachdem er mit seinem Raumschiff auf der Erde notlanden muss und seine Geheimwaffe, den Quak-Ball, verloren hat, kann er keinen Kontakt mehr zu seiner Heimatwelt aufnehmen. Was aus dem Rest seiner Truppe geworden ist, weiß er auch nicht. Allein auf sich gestellt, findet er Unterschlupf im Hause der Familie Hinata. Als Gegenleistung dafür, dass er die anfallenden Arbeiten im Haushalt erledigt, erhält Sgt. Keroro ein eigenes Zimmer, von dem aus er neue Pläne schmiedet, um seine geheime Mission, die Eroberung der Erde, weiter vorzubereiten!